自《政府采购法》实施以来，各地成立的政府采购中心基本上都是“非营利性的事业法人”机构，这样对政府采购中心定位，对规范采购操作，加强采购管理，有效维护采购当事人的正当权益等都起到了非常积极的作用，但随着时间的推移，特别是市场经济的高速发展，现行的政府采购中心“定位”模式却在不少的地方，特别是在县一级的行政区域内逐渐凸显出了五大弊端，阻碍了政府采购宗旨的充分实现，因而，有必要进一步加大政府采购制度的“改革”力度，重新“审视”政府采购中心的定位，以顺应市场经济的发展要求，进一步规范政府采购行为。
一、现行政府采购中心的运行经费全额由财政供给，这使得采购中心与财政部门之间仍然存在着明显的经济利益依存关系，从而使得政府采购“监管”与“操作”职能的分离形同虚设，难以达到实质性的相互分离制约、相互牵制监督的运行效果。按《政府采购法》的有关规定，财政部门不得设置政府采购中心，其目的就是要使政府采购的管理职能与相应的操作职能相互分离、相互牵制、相互监督，而实质上，即使有不少的政府采购中心是单独设立的，但，由于采购中心的所有运行经费和一切费用开支等，还要由财政部门安排和拔付，并且还要其保障“供给”，这就使得采购中心与财政部门之间仍然存在着一条看不见的利益牵连关系，从而使得采购中心的分设只是一种形式而已，难以阻断他们之间的实质性“联系”，如果财政部门中有人想要从中作弊，那么还是很方便，也是非常“顺利”的。
二、将采购中心定位为集中采购业务的唯一法定代理机构，使得采购工作人员不愁没业务，不愁没经费，干多与干少、干好与干坏都一样，因而工作上没有压力和担子，思想上没有责任和风险。按《政府采购法》的规定，采购人采购纳入政府集中采购目录的采购项目，必须要委托给政府集中采购机构统一办理，这对政府采购中心来说，他们的主要职能就是行使好政府授权的集中采购业务，而与其他采购代理的中介机构不同，采购中心有固定的采购代理业务，没有业务风险，也不愁经费来源，这就使得部分采购工作人员不思进取，缺乏应有的敬业精神，工作上没有责任心，思想上没有忧患意识等等，从而容易导致采购项目的质量难以得到提高或有效的保证，甚至于还能滋生出一些弊端或腐败行为。
三、现行政府采购中心定位为非营利性的单位，其一切活动经费全由财政负担，容易滋长少数工作人员的铺张浪费行为，从而增加了事业运行成本，浪费了财政资金。由于采购中心的职能所致，他们经常开展一些邀请招标、竞争性谈判等活动，少不了要抽调和聘请一些采购评审专家和纪检监察人员等等，因而经常会发生一些活动经费，如果再遇到少数贪图安逸或享乐的人员，将其评标地点等安排在宾馆、游乐场所或风景区等等，那么费用开支将会更大，这些吃的、玩的、用的等等全部都由财政预算负担，而采购工作人员等却并不一定感到“心痛”，说不一定还无所谓，从而白白地浪费了财政资金，增大了采购操作的运行成本，实在是有悖于政府采购的原则和宗旨。
四、政府采购中心的从业人员定位为事业编制，受制于同一级政府管理，从而使其业务操作也难以摆脱政府有关部门或有关人员的干扰和束缚。在实际工作中，几乎所有政府采购中心的工作人员，其性质都属于事业或行政人员，其人事管理、考核、晋升、提拔、调动与安排等等都由当地政府的有关部门直接管理，这就容易使得有些政府官员等变相利用其身份或权力，变相介入具体的政府采购活动，大搞暗箱操作行为。从近期公开曝光的全国15位交通厅长前“腐”后继的案例就可以说明这一问题，按理，这些厅长们都应无权参 与交通工程的招投标活动，但，他们都凭着对相关人员的人事管理权限等等，就很顺利地实施了他们的暗箱操作行为，这就充分说明，招标采购机构的工作人员，若其人员性质上，受制政府有关部门的管理，就有可能影响其业务工作的独立开展。
五、目前对政府采购中心的工作虽有法定的考核条款，但这些考核指标比较原则，实际操作性还有待进一步提高，同时，有关部门的考核力度还必须要加大。在《政府采购法》第六十六条明确规定：“政府采购监督管理部门应当对集中采购机构的采购价格、节约资金效果、服务质量、信誉状况、有无违法行为等事项进行考核，并定期如实公布考核结果”。可在实际工作中，对采购业务的“采购价格”、资金的“节约效果”等指标来说，就难以寻找一个比较客观公正的评判和考核标准，因而就无法评价这些指标数据的优劣，同时，对“服务质量”和“信誉状况”等指标，也只是以是否有人举报或是否在社会上产生不良影响等来进行考核的，可见，这一系列指标都缺少实质性的操作手段和标准，“漏洞”也很大，因而，有关部门对他们工作质量的高低一般就没有时间去“评说”或“细说”，而只能要求他们“尽量”去满足采购人的采购需求，“尽量”去提高采购的质量和效果等等，这样，质量要求不高、业务学习无动力，势必会影响到政府采购的充分宗旨。
从上面几点可以看出，现行采购中心在运行中曝露出来的种种“体制”上的弊端，正成为影响和干扰政府采购活动公开、公平、公正运行的“障碍”，要更好、更充分地规范采购行为，防患于未然，对采购中心“定位”就必须要重新审定，在近阶段，最好将该机构定为自收自支的事业法人机构，在条件成熟后，再将其向社会中介机构方向过渡，只有在人、财、物等方面给予其充分的自主权，才能调动其积极性，增强其工作的责任心，才能有效促进他们高质量地完成政府采购的代理职能。
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